Argumento:
Independence Day: Resurgence transcurre 20 años después 3 de la invasión extraterrestre ocurrida en julio de 1996, sabiendo que existe vida en el universo y es muy posible que otra amenaza llegará a la Tierra en el futuro. La humanidad consiguió rescatar una pequeña cantidad de tecnología extraterrestre, gracias a la cual desarrolló nuevas armas sumamente avanzadas con la ingeniería inversa, como nuevos aviones de combate y naves que pueden viajar por el espacio, para estar precavidos de cara a esta amenaza y defender al planeta Tierra.
La comunidad internacional se ha recuperado y los gobiernos de los diferentes países de la Tierra se han unido y desarrollaron un plan de defensa de gran envergadura, creando la Earth Space Defense (ESD) que sirve como sistema de alerta para la Tierra y como fuerza de defensa principal usando la tecnología extraterrestre, que fue capturada de los restos de las naves en la primera batalla, junto con fuerzas militares especiales instaladas en la Luna, Marte y Rea, y el Area 51 se ha convertido en el cuartel general de la ESD.
En África, el director de la ESD, David Levison, se reúne con la doctora Catherine Marceaux y el señor de la guerra Dikembe Umbutu, que le lleva a una nave extraterrestre intacta, que había logrado aterrizar en la primera invasión. A bordo de la nave descubren que habían estado perforando un agujero en la tierra, que los alienígenas habían enviado una señal de socorro y que alguien en el espacio les había contestado. Por otra parte Umbutu y el ex presidente de los Estados Unidos Thomas Whitmore habían estado experimentando visiones recurrentes de hologramas desde su encuentro con los extraterrestres y tratan de descifrarlos.
Una nave esférica, con tecnología muy distinta a la de los alienígenas de 1996 aparece por un agujero de gusano cerca de la base lunar de la ESD. Levison cree que es una nave de otra raza alienígena benévola y cree que no deberían atacar, pero los gobiernos votan y deciden atacar. En contra de las ordenes, el piloto de la ESD Jake Morrison, recoge a Levison, Marceaux y Umbutu en un remolcador espacial y los lleva hasta los restos de la nave derribada, de la que recuperan un contenedor. De repente una nave nodriza extraterrestre de casi 5000 kilómetros de ancho surge del agujero y destruye las defensas planetarias de la tierra, antes de acercarse al planeta. El remolcador espacial se ve atrapado por la fuerza gravitatoria propia de la nave nodriza que eleva las ciudades de Asia y las usa como proyectiles para golpear Europa, matando a muchos. Mientras tanto, la nave nodriza se posa sobre el océano Atlántico y comienza a perforar para extraer el calor del núcleo terrestre, lo que destruirá el campo magnético en el proceso.
Al llegar el remolcador espacial al Area 51, el doctor Okun despierta tras estar veinte años en coma, después de que un extraterrestre casi lo matase en 1996 (y lo usase para comunicarse con el presidente Whitmore). El contenedor se abre y se libera una inteligencia artificial de forma esférica, la cual les dice que su misión es evacuar a supervivientes de mundos conquistados por los alienígenas y están construyendo una fuerza de resistencia, lo cual temen los alienígenas. Entre tanto, el expresidente Whitmore interroga a uno de los alienígenas prisioneros (los cuales son referidos por la esfera como "cosechadoras"), el cual revela (usando a Whitmore como medio de comunicación) que la reina está en camino, al mando de la invasión. Concluyen que si matan a la reina, los invasores se retirarán. Una flota de cazas espaciales dirigidas por el capitán Dylan Dubrow-Hiller, hijo del piloto Steven Hiller (Will Smith) quien había muerto durante una prueba de armas alienígenas, y luego que su madre Jasmine, también murió en el hospital al salvar a una mujer y su bebé en la destrucción por la nave nodriza, lanzan un contraataque contra la cámara de la reina, pero quedan atrapados en la nave y casi eliminan a toda la unidad. Dylan, junto con Jake y sus compañeros pilotos, Charlie Miller y Rain Lao, logran escapar robando dos naves alienígenas. Los alienígenas atacan el NORAD en Cheyenne Mountain, matando a la presidente Elizabeth Landford, junto con la mayoría de su gabinete. Después, el general Adams, comandante en jefe del EDS, es puesto inmediatamente como el nuevo Presidente de los Estados Unidos.
Sabiendo que la reina se ha percatado de su presencia, la Inteligencia Artificial de la esfera quiere que la EDS sea destruida para evitar que los alienígenas descubran sus secretos. Las fuerzas de la EDS esconden la esfera en un lugar seguro y utilizan un remolcador espacial con una copia de la señal de la esfera como cebo para atraer a la nave de la reina a una trampa con ojivas termonucleares. En contra de los deseos de su hija Patricia, el ex presidente Whitmore se sacrifica destruyendo la nave con un remolcador espacial con la ojiva. Sin embargo la reina sobrevive usando un escudo de energía en su traje biomecánico. Patricia vuela personalmente con un luchador híbrido que destruye el escudo de la reina, lo que permite a Dylan matarla antes de que se hiciese con la esfera al encontrarla, al triunfar, Patricia se reúne con su novio Jake y su amigo Dylan, junto a Miller y Lao. Con la muerte de la reina, la nave nodriza detiene la perforación y se aleja de la Tierra. Okun revela que la esfera les ha pedido liderar la resistencia hasta en otros mundos (que fueron invadidos por ellos) y que les ha ofrecido una nueva tecnología aún mas avanzada para preparar el asalto al planeta de los alienígenas.
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