Se trata de una película "buddy cop" («película de colegas»5 ) En un mundo poblado de mamíferos antropomórficos donde depredadores y especies de presas coexisten pacíficamente, una coneja de Bunnyburrow rural llamada Judy Hopps cumple con gran esfuerzo su sueño de niñez de convertirse en la primera coneja oficial de policía de la utopía urbana, Zootopia. A pesar de salir de la academia de policía con grandes honores, Judy es relegado al deber de estacionamiento por Jefe Bogo, quien duda de su potencial. En su primer día, ella es estafada por Nick Wilde y Finnick, un dúo estafador de zorros.
Al día siguiente, Judy abandona el deber de estacionamiento para arrestar a Duke Weaselton, un ladrón que robó unos bulbos de plantas. Bogo la reprende por abandonar el puesto; pero una nutria, la señora Otterton, entra en la oficina de Bogo pidiendo que alguien encuentre a su esposo Emmitt, uno de los catorce depredadores que han desaparecido. Judy se ofrece a buscarla, haciendo que Bogo la despida por insubordinación. Cuando la alcaldesa Dawn Bellwether elogia la asignación e informa al alcalde Leodore Lionheart que Judy está tomando el caso, Bogo le da 48 horas para encontrar a Otterton con la condición de que debe dimitir si fracasa.
Después de descubrir que Nick fue el último en ver a Otterton, Judy lo chantajea para ayudarla grabando en secreto su confesión de evasión de impuestos. Los dos van a un centro naturista, donde el propietario les proporciona el código de placa. Con la ayuda de Flash, un lento perezoso, rastrean a Otterton a una limusina propiedad del jefe del crimen, Mr. Big. Tras un mal roce por causa de Nick, Mr. Big les revela que su florista Otterton se había vuelto “salvaje” - se había vuelto violento - y atacó a su chofer, Manchas. En su casa, Manchas menciona que Otterton había estado gritando sobre «aulladores de la noche» (“Aulladores Nocturnos”, en Hispanoamérica). Sin embargo, el propio Manchas se vuelve salvaje y persigue al dúo. Judy salva a Nick atrapando a Manchas y llama a la ZDP para pedir ayuda. Sin embargo, cuando Bogo y otros policías llegan, Manchas ha desaparecido. Bogo exige la renuncia de Judy, pero ella es salvada por Nick que recuerda a Bogo que todavía tiene diez horas para resolver el caso. Cuando salen, Nick le revela a Judy que fue intimidado cuando era un niño por ser un zorro. Tras el ataque y descubriendo que el mundo jamás dejaría de calumniarlo, Nick había abandonado toda idea de ser alguien mejor.
El dúo llega a las oficinas del alcalde; donde Bellwether le da acceso a Judy y Nick al sistema de cámaras de tráfico de la ciudad. Descubren que Manchas fue capturado por lobos, por lo que Judy conjetura son los “aulladores de la noche”. Tras rastrear al vehículo, encuentran a Otterton ya los otros depredadores desaparecidos encarcelados en Cliffside Asylum, donde Lionheart los ha mantenido ocultos del público y la Dra. Madge Honey Badger está tratando de determinar la causa de su extraño comportamiento. Con evidencia en video y tras escapar de los guardias, Lionheart y los involucrados son arrestados y Bellwether se convierte en la nueva alcaldesa. Judy, elogiada por resolver el caso y ahora aliado con Nick, le pide unirse a la policía y convertirse en su compañero. Sin embargo, Judy argumenta una causa biológica para el reciente comportamiento de los depredadores en una conferencia de prensa. Nick escucha el discurso y se molesta, confrontándola; pero al ver la desconfianza, se va con enojo y rechaza la solicitud. Culpable, Judy intenta disculparse pero la prensa no la deja. Tras una serie de batallas en toda la ciudad en medio de una ola de protestas contra los depredadores, Judy está consumida por la culpa de haber ocasionado el caos (el recepcionista, su primer amigo, había sido removido de su puesto) y deja su trabajo con gran pesar.
De vuelta en Bunnyburrow, Judy descubre que sus padres se aliaron con Gideon Gray; quien se había reformado y disculpado con Judy por su maltrato en el pasado. En medio de la plática, Judy se informa que los "aulladores de la noche" no son lobos, sino flores tóxicas que tienen muy malos efectos psicotrópicos en los mamíferos. Después de que Judy regrese a Zootopia y con lágrimas se reconcilie con Nick, encuentran a Weaselton y descubren que los bulbos que estaba robando eran aulladores nocturnos destinados a ser usados por un carnero llamado Doug. Encuentran a Doug en un laboratorio escondido en los túneles del metro, creando una sustancia prohibida hecha de aulladores de la noche, que él ha estado disparando a los depredadores con una pistola de dardo. Como evidencia, el dúo rapta el vagón e intentan llevarlo; pero lo pierden en la explosión que surge al final de la línea.
Antes de que puedan ir a la estación de policía, se meten en una confrontación con Bellwether, quien roba la evidencia, revelándose como la lideresa detrás de un sabotaje presa-supremacista. Judy y Nick intentan escapar, pero Judy se lastima en el proceso; y Nick se niega a abandonarla. El dúo intenta huir, pero terminan atrapados en un pozo por los carneros de Bellwether. La alcaldesa le dispara una pastilla de suero a Nick para provocarlo y matar a Judy, y realiza una llamada para arrestar a Nick. El efecto le funciona: Nick termina mordiendo a Judy. Sin embargo, Bellwether se sorprende de que Nick siga normal y entre él y Judy le confiesan que habían desarmado el arma de dardo de Bellwether reemplazando los gránulos de suero con moras azules. Enfurecida, Bellwether amenaza con arrestar a Judy y Nick, pero Judy ha grabado la confesión de Bellwether. Bogo y la ZPD llegan y la arrestan.
ZNN, el noticiero local, informa sobre el arresto de Bellwether y de los implicados. Lionheart niega el conocimiento de su complot, pero afirma que tenía buenas razones para encarcelar a los depredadores salvajes. Los depredadores son curados con un antídoto, Judy se une a la ZPD y Nick se convierte en el primer policía de la ciudad y su compañero. La película termina con el lentísimo diálogo de Nick y Judy con Flash tras ser atrapado manejando con rapidez. En los créditos, se muestra a Gazelle cantando frente a la ciudad.
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